 南普陀寺是中国古代建筑物之一，大雄宝殿石柱上有副对联：“经始溯唐朝与开元而并古，普光被夏岛对太武以增辉。”这副对联将寺庙开基的年代和地理位置说得清清楚楚，那就是说寺庙在唐朝就有了，距今也有1200多年；寺庙对着南太武山，真是风水宝地。据说该寺是唐代首先到岛上开发的陈氏族人所建，五代时，称泗洲院，宋初叫无尽岩，后该名叫普照寺. 普照院，元代至正年被毁，明洪武时重建，明末又毁于兵火，清康熙二十三年公元1684年，由统一台湾的施琅将军重建。因与浙江普陀山普济寺同观音菩萨，又地处普陀山之南，故称南普陀寺，是目前国内僧人较多的寺庙。南普陀寺坐子向午，依山面海，呈中轴线递次向上，主体建筑有天王殿，钟鼓楼，大雄宝殿，大悲殿，藏经阁，向左右对称展开，依次层层升高，层次分明，俯仰相应。东西二侧依次升高的庑廊，回护着三殿，形成一个整体，雄伟壮观。南普陀寺原为“临济宗”一派世袭主持，1924年起，该为十方丛林选贤制，选拨贤者为方丈。自那时到至今已选任了11任方丈。
南普陀寺改革开放后增加了活力，得到了政府的扶持，也得到了十方信善的捐赠。80年代以来，所有堂院都翻修一新，还新建了一批设施，主要有：海会楼. 普照楼. 方丈楼. 太虚图书馆，两座山门以及闽南佛学院的教学楼. 僧舍楼，还有佛教协会的办公室. 上客堂，会客楼。1992年在般若池畔，新建了一座气势宏伟的大禅堂，堂高三层，八角重檐飞脊，围以白石雕栏，精巧严密，富贵堂皇。现在的南普陀寺是建寺以来最为昌盛的时期，是闽南乃至福建最为流光溢彩，金碧辉煌的寺院！南普陀寺院内以及后山五老峰前，都留下历代许多摩崖石刻和多块碑记，主要有明太常寺卿林宗载的“飞泉”，清施琅将军的“为善最乐”，以及抗荷将军沈有容等的题刻和光绪三十四年美国舰队访问厦门的刻石，都提供了历史的见证。
南普陀寺里有七座白玉如来佛塔和二座11层高的万寿塔，那是1993年，1994年由信士捐建是万寿塔前有个莲花池，夏日荷花盛开时，蓝天，白塔，绿叶，花海，展示这里是分外清静高洁的佛门净地。
南普陀放生池是为施主放生所设。为什么庙前要有一个放生池？放生，是我国历史上的一种风俗习惯，后来与佛教的“慈悲”，“不杀生”等教义相融合，进而变成一种较普遍的佛事活动。从佛教教义看，信佛不该无辜杀生，应爱护苁生，苁生应和睦相处，人类应永远和平。提倡放生，反对杀生，示意整个世界应成为一个没有战争，没有苦难的和平乐园！
天王殿是1925年重建的1981年中国佛教协会会长赵朴初写了“天王殿”匾。天王殿里，除四大天王外，中间还有笑口常开的弥勒佛，他身后是护法韦驮。这种格局在全国佛教寺庙都是一样的。这里的四大天王，文革中曾遭破坏，这是经过重塑的金身。四大天王又称护世天王，中国称四大金刚。金刚源于文Vajra 译音，有坚固，锐利，无坚不摧之意。据印度传说有一座山叫犍陀罗山，山有四峰，各有一王居之，各护一方天下，东南西北，山河森林土地都属他们守护庇佑的范围。中国的“天王”是依据《封神演义》中的描写塑制的；东方持国天王，身白手持无弦琵琶，意为“弦弹破苦”；南方增长大王，身青，手持无剑，意为劈开爱锁情枷，斩尽妖魔；西方广目天王，身红，右手绕无鳞龙，左手捻珠，叫吞龙吐珠，意为如意吉祥；北方多闻天王，身绿，右手持无骨伞，左手握银鼠，意为苦海慈航。这些法器，韵有含义；剑，锋也，喈喻“风”；琵琶，暗指“调”；伞，隐喻“雨”；龙，有通的含义，暗指“顺”。“风调雨顺”乃万事如意，国泰平安！
弥勒佛相传出生于印度一个婆罗门家庭，后来出家拜佛为师，佛预言他将继承释迦尼为未来佛。南普陀的弥勒佛不是印度的弥勒佛，相传我国五代后梁时，明代（今宁波）奉化人，名此。他常常荷一布袋，云游四方，无优无虑，自由自在，劝人信佛，且总是眉开眼笑，和善待人，因而人们叫他“布袋和尚”。五代后梁贞明二年公元916年，布袋和尚在岳林寺石上坐化时念一：“弥勒真弥勒，分身千百亿，时时示世人，世人自不识。”人们这才醒悟他是弥勒佛的化身。弥勒佛身后的韦驮，古印度神话中说，他是南方增长天王的八神之一，居三十二将之首。韦驮是佛教中的护法神。据说佛时，有邪魔将释迦的佛骨（舍利）抢走，韦驮历尽艰苦，把舍利追了回来。因此按佛教寺院的规矩，韦驮面朝大雄宝殿的释迦尼，身着甲胃，手持降魔金刚，其意是保护佛祖，驱除邪魔。韦驮英勇善战，威镇八方，饰以童子面相，表明其有赤子之心。传说如果韦驮手持着地金刚，表明寺庙不甚富裕，对外来云游僧不开放，至多只能在寺中吃二餐，不得留宿；假如金刚是横放在韦驮的手臂上，表明寺庙较富裕，是十方丛林，游僧可免费住宿；若韦驮左手卡腰，右手握金刚过，就是说这寺庙对游僧要适当收费。南普陀寺原为世袭制子孙庙，韦驮是金刚是着地的，改为十方丛林制后，金刚没有改为横放在手臂上，仍保持原样。按十方丛林的寺规，云游僧人是可以免费住宿的。
南普陀寺的大雄宝殿，重檐歇山顶，燕尾脊，飞檐翘角，轻巧灵动，有中国传统建筑的特点；脊上剪瓷镶有九鲤化龙.凤凰展翅.麒麟显瑞等图案，墙上有“清影摇风”“楚江秋呤”等山水花鸟画，壁上有“禅河淋浴”，“六年苦行”等释迦诞生的连环画，这又是闽南寺庙建筑的技艺。建筑材料也是闽南的石材，充分表现工匠的纯熟工艺。大雄宝殿是寺院的主体中心，崇闳雄伟， 1932年由住持转逢和尚重建，1955年重修。殿前石庭平展舒广，正中宝鼎香炉巍立，两侧白石宝塔高耸，显出广庭崇殿的庄严肃穆 。
大悲殿，也是南普陀寺的第三殿，清初由施琅将军创建的，原称大悲阁，专供观音，为南普陀寺改称的由来是福建寺庙中特有。大悲殿原为砖木结构，1928年因香火过盛被烧毁，1930年由住持太虚法师重建。1962年进行大翻建，主体改为钢筋水泥，保持斗拱堆叠但不承受重量，只作装饰。殿高20米，三重飞檐，彩绘装饰，中心藻井由斗拱层层叠架而成，造型巧妙，结构严密，称“蜘蛛结网”。脊中立有一宝葫芦，分外庄严。殿为八角形，四面敞廊，南北上下，挺立于八边形花岗石台基上，稳重秀美。殿内四尊观音菩萨，正面为双手观音，其余三面为48臂观音。各臂各有持物，持物各不同，表现观音有不同的渡众悲愿；如手下伸，掌向上的叫“施无畏手”，象征能排除众生的一切恐怖畏惧；“持日手”能救眼睛暗无光明众生；“杨枝手”能除种种疾病；“空镜手”象征能成为大智慧；“空印手”象征能成为大辩才；“如意宝珠手”象征能使人富裕；“宝锋手”表示能得到上妙音声；“数珠手”象征能得到一切佛接引至极乐世界等。观音，原名“观世音”，梵文，也译“观音在”.“阿婆罗”，为避唐太宗李世民之，简称“观音”。观音在印度为男身，佛经说，原为王太子，名不，成佛后是阿弥陀佛的左肋待，与右肋待大势至合称“西方三圣”。又说，观音是妙庄王的三女儿，名妙善，从小吃斋信佛，后削发为尼。妙庄王坚决反对，把她闷死。佛又把她复活于普陀山附近是一朵莲花上。从此，她发誓要超脱尘世之外，长出千手千眼，普渡众生，行善天下。寺院一般造型是两眼两手下，左右各具二十手，手中各有一眼，共四十手四十眼，各配二十五“有”（三界中二十五种有情存在环境）而成千手千眼。千手表示护持众生，千眼表示观问世音。
大悲殿前有两株枝叶茂盛的菩提树，使整个环境典雅肃穆。菩提树原产于印度。“菩提”是梵文Bodhi（觉道）的译音。《西游记》载：“菩提树，即毕钵罗树，昔释迦牟尼佛坐其下成正觉，盖梵语BODHI之意，正觉也。在东印度视此为神树，特栽于寺院间，以纪念佛之成道云”。所以，大悲殿前种值菩提树，体现观音菩萨大慈大悲救苦救难的气氛！
藏经阁，为中轴主体建筑的最高层，建于1936年。南普陀的这个藏经阁建筑颇有特色，有中西合璧的韵味，上为歇山式屋顶，下为西洋式构架，重檐双层阁楼，上层藏经，下层法堂。二楼有宽敞的天台，三面台廊护围，依栏远眺，巍峨的前三殿尽收眼底，仰首后顾，层峰叠翠，意境深邃。这里面的藏经有：《明大藏经》《砂藏经》高僧弘一的手稿《佛说阿弥陀经》明末由信徒和沙弥刺血写成的《血书妙法莲花真经》1936年日本赠送的100卷《大正新修大藏经》。还有许多文物：唐代的铜宝像，宋开宝六年（公元937年）铜钟.宋七宝铜塔.明七宝铜观音.缅甸白玉卧佛.坐佛等。其中明白瓷观音，据说是著名艺术家何朝宗的作品。
这个大佛字是闽南寺院中最大的一个字了，高4米多，宽3米多，是清光绪三十一年（公元1905年）振慧所书。看它行笔圆润，粗犷豪放，刚劲有力。在佛的两侧，建有南普陀寺有成就的大和尚墓塔。在转缝和尚墓塔下方，有唐开元年间陈姓人氏始建的南普陀寺前身普照寺的遗址，还留有明代刻的“飞泉”二字。附近还有“兜率陀院”，“兜率陀”是梵文译音，知足之意，是寺院退休和尚和高僧大德的静养处，以前曾有多位大和尚来此静修。此处建有“阿达池”也是梵文的译音，意为清凉的水池；弘一大师曾在此闭关谢客，静修著书。还有太虚灵塔和太虚纪念亭。太虚1889－1947年俗姓吕，名森，浙江崇德（今桐乡），1927年起任南普陀寺住持兼闽南佛学院院长，一生著作甚丰，书法尤佳，厦门留有他不少手迹。
南普陀寺寺史刻石和山大师的警世歌，也颇有价值。碑记主要有：明崇祯十三年（公元1640）林宗载的《田祖入寺志》，现嵌于大雄宝殿左边廊壁上。林宗载，字允，同安禾山塔头人，万历进士，官至太常寺卿，碑文记述大意是：普照寺自宋代断臂禅师（即文翠）重兴以来，寺中广有田租，但后来多数丧失，致使僧众供给无着。其中一部分寺租落入林宗载次子宜杓手中，宜杓将所得的寺租交寺僧收取，以供熏修。至崇祯十三年，宜杓去世，林宗载乃写志勒石，开列寺租田亩数量，坐落四至，佃户姓名，租谷数，仍交由僧家收取，以防日久变异而刻石记之。还告诫后人不要砍伐树木.乱采岩石.破坏山林.要保护名胜古迹。这碑记是一篇重要的地方文献，也是研究明末社会的难得史料。
《乾隆八御碑》也是颇有价值的历史文物。《八御碑》原来立在南普陀寺前，一碑一亭共四亭，碑一面为满文，一面为汉文，是乾隆皇帝自己撰写的碑文，记述镇压台湾林爽文.庄大田起义的详细经过。由于南普陀一次又一次扩大规模，御碑先是移入寺内两廊粉壁，前年扩建寺舍时，将它置于西山门内，并建碑廊以永久保存。
闽南佛学院，1925年创办，由当时的南普陀住持，中国佛教领袖太虚大师为首任院长，他将佛学院作为改革中国僧侣教育的实验园地，成为中外出名的佛教高等学府。1937年抗日军兴，学院停办。12年内毕业200多人，本少人成为出色的佛教俊才，现尚健在的当年学僧，大都成为名山长老或佛学大师，如知名的经论大师台湾的印顺，曾任马来西亚佛教总会会长摩法师，皆出自佛院门下。1985年，闽南佛学院正式复办，由赵朴初会长重写了院，在妙湛院长的主持下，得到了较大提高和发展，已成为全国僧教育的重点学院。现设有男女两个院部，男院部在南普陀，女院部在金榜公园内的宝山岩，现有男女学僧250多名，至1992年已有三届本科毕业，分赴各地担任寺院主持或职事，有的到各地佛学院校任教或佛教会任职，有的还到国外寺庙弘法任职。
普照楼1986年建，是专门供应素斋的地方。为顺应旅游业的发展，这里既有预约定桌供应，也有快速即食的快餐，十分方便。南普陀素菜以其清纯素雅的独特风味驰名中外，厨师调煮制作，严守素菜素料作的工艺，革除素菜仿制腥的传统，以素菜素名而独树一帆，既讲究色. 香. 味，又讲究形. 神. 器，一道菜一个雅名，神韵高雅，诗情画意。其中“半月沉江”这道菜是郭沫若院长为它取名。1962年11月24号，郭沫若皆夫人于人立群来南普陀参观品尝素菜，他看过菜单，便把菜名排列成韵律诗句，边吃边打起拍子还唱了起来，兴致甚高。当端上当归香菇冬笋面筋汤时，那一半香菇为墨色，一半面筋为白色，宛如半轮月影在江底郭老立即将这道菜正名为“半月沉江”，并在饭后题诗中把它嵌进了诗句。诗云：“我自舟山来，普陀又普陀。天然林好，深憾题名多。半月沉江底，千峰入眼窝。三杯通大道，五老意如何”？从此“半月沉江”身价百倍。南普陀素菜曾到新加坡，香港访问演出，深受欢迎，现在以是享誉中外了。
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